Installation instructions for ABCI_MP 12.5 on linux x86 & x86_64

Jonathan Smith (Lancaster Univ.)/ Yong Ho Chin (KEK) / Yong-Chul Chae and Xiaowei Dong (ANL)

A complete installation of ABCI consists of:

  • The ABCI executables
  • The TopDrawer executable
  • The documentation
  • The example files.

This document explains how you get a simple ABCI job input file running. The rest you will learn from looking at the various examples and reading the manual.

Using ABCI for Windows on Linux

You have some choices to make. Versions of ABCI for Windows are often more up to date than those for linux. If you have the ability to install the wine ( http://www.winehq.org/ ) package (available for all main distributions) this will probably provide a path to the latest version. This may not, however make full functionality of the SMP (multiple CPU/multiple core) features on your machine, and if you are unable to install wine then may not be an option. On my AMD machine, topdrawer does not behave correctly under wine, so I have to use the other linux native method below.

1.       Get packages/install wine

 

As root use

1.1.     apt-get install wine (Ubuntu/Debian etc)

1.2.     yum install wine (Scientific Linux, Red Hat, Fedora)

or whatever the wine package is called instructions for how to do this are provided here. ( http://www.winehq.org/site/download )

 

2.       Get ABCI

 

Then go and get the latest ABCI sources from  http://abci.kek.jp/abci.htm and click on the  http://abci.kek.jp/ABCI_MP_12_5.zip  link. It is best to do this as the user you are likely to be running as normally. Do this either in your browser or type

$wget http://abci.kek.jp/ABCI_MP_12_5.zip

 

3.       Unpack and install ABCI complete zip file and package.

 

Decide where you want ABCI installed. Do you just need it for yourself or are you making it available for all users of that machine? If for yourself just make a new directory in your home directory. In this case it's really straight forward as ABCI will unpack itself into its own directory:

$ unzip ABCI_MP_12_5.zip 

4.       Test it.

ABCI should be installed and ready to run in a subdirectory ABCI_MP_12_5

The manuals are in a subdirectory

$ ls -l ABCI_MP_12_5/Manuals_version_history_and_old_installation_guide/*.pdf

The samples should be installed in ABCI_MP_12_5/samples

We'll run sample1.abc. You should look at the code to see what it's doing.

$ cd ABCI_MP_12_5

$ wine ABCI_MP\ application_for_Windows/ABCI_MP_12_5.exe \ Samples/sample1.abc

The output is as follows:

> ABCI_MP_12.5 IS NOW RUNNING. PLEASE WAIT...
> NUMBER OF CORES (OR THREADS) = 2
> THE 1ST RUN STARTED
> 10% OVER
> 20% OVER
> 30% OVER
> 40% OVER
> 50% OVER
> 60% OVER
> 70% OVER
> 80% OVER
> 90% OVER
> 100% OVER
> THE 2ND RUN STARTED
> 10% OVER
> 20% OVER
> 30% OVER
> 40% OVER
> 50% OVER
> 60% OVER
> 70% OVER
> 80% OVER
> 90% OVER
> 100% OVER
> THE 3RD RUN STARTED
> 10% OVER
> 20% OVER
> 30% OVER
> 40% OVER
> 50% OVER
> 60% OVER
> 70% OVER
> 80% OVER
> 90% OVER
> 100% OVER

One can look in the output with less/emacs/nano...
$ less Samples/sample1.out
One can run TopDrawer interactively:
$ wine TopDrawer_for_Windows/TopDrawW.exe Samples/sample1.top
right click on these plots should allow you to save a postscript of your favourite plots.

Linux Native Installation of ABCI and TopDrawer Binaries.

This may be simpler, and it may not. You may be forced here because the 

1.     Make directories & get executables

 

$ wget http://abci.kek.jp/ABCI_MP_12_5_linux_binary.tgz

This will contain the binaries, most recent manual, and some sample files. They need unpacking

$ tar -zxvf ABCI_MP_12_5_linux_binary.tgz

and should expand out to 

ABCI_MP_12_5_linux_binary/

You will find two ABCI executables :

abci_mp_12_5_i386.exe for 32 bit Linux

abci_mp_12_5_x86_64.exe for 64 bit Linux

You may need to change the file permission:

$ chmod 775 abci_mp_12_5_i386.exe

$ chmod 775 abci_mp_12_5_x86_64.exe

$ chmod 775 td

 

2.     Test it

 

Hereafter, abci_mp_12_5.exe means either abci_mp_12_5_i386.exe or abci_mp_12_5_x86_64.exe depending on which OS you want to run ABCI. $ ABCI_MP_12_5_linux_binary/abci_mp_12_5.exe \ ABCI_MP_12_5_linux_binary/Samples/sample2.abc

This appears to run rather quickly on my system.

$ ABCI_MP_12_5_linux_binary/td \

>ABCI_MP_12_5_linux_binary/Samples/sample2.top

PAUSE: 

PAUSE: 

PAUSE: 

PAUSE: 

PAUSE: 

PAUSE: 

PAUSE: 

Appears to produce the plots, but the colour scheme is rather bad – very light grey on light grey. Press return to cycle through these plots. I find it easier to turn these plots into postscript and then look in more detail using a postscript viewer like evince. In order to do this one can enter the TopDrawer file and write SET DEVICE POSTSCRIPT as the first line. This can be handled using shell script as follows:

$ cd  ABCI_MP_12_5_linux_binary/Samples

$ cp sample2.top sample2.tmp && (echo "SET DEVICE POSTSCRIPT"; cat sample2.tmp) > sample2.top && ../td sample2.top && rm sample2.tmp

You should get...

Plot  0 Done.

Plot  1 Done.

Plot  2 Done.

Plot  3 Done.

Plot  4 Done.

Plot  5 Done.

Plot  6 Done.

 

All questions regarding to this home page should be addressed to

Yong Ho Chin (yongho.chin@kek.jp)

 

Acknowledgements

 

These linux versions of ABCI were compiled by Drs. Yong-Chul Chae and Xiaowei Dong of

Argonne National Laboratory. The original instruction guide was created by Dr. Jonathan Smith of

Lancaster University.

 



Go to Yong Ho Chin’s Home Page


Last updated on June 24, 2008 by Y. H.Chin